Han transcurrido a 35 años desde la ultima guerra que se desato en este mundo, conocida como la Gran Guerra Feudal, los ninjas de Konohagakure y Kumogakure enfrentaron a sus símiles de las otras tres aldeas generando asi uno de los mayores caos que han existido; tras esta maquiavélica figura de destrucción, se mostraba un solo hombre, el Señor Feudal del PAis del Fuego quien a traición, asesino al Hokage tomando el control absoluto del poder hasta ser vencido por el sacrificio del Tsuchikage, tras ello, el mundo inicio una reconstrucción esperando encontrar asi la paz que les fue arrebatada por la ambicion de un solo hombre.

Konohagakure se convirtió en una nación prospera y neutral, decidio mantenerse al margen de asuntos internacionales salvo algunos que forzosamente requieran de la presencia del Hokage o de los Sannin, quienes vienen a ser las escoltas personales y apoyos de los Kages de cada Aldea. Liderados por el actual Hokage Illumi Hodoshi, Konohagakure se ha mantenido al margen mundial salvo por ser los únicos con contar con Rengoku, la prisión mas grande del mundo. Kumogakure por su parte, fue la nación mas devastada, tras la muerte del Raikage, su sucesora, Christina Loreto, ha llevado la nación con mano dura pero esto solo ha provocado la aparición de una fuerza revolucionaria llamada “Zo” la cual esta en contra del gobierno de la actual Raikage y busca por todos los medios retirarla de dicho puesto.

Kirigakure por su parte es liderado por el Kage mas joven, Sendo Mihatsu, quien ha llevado la nación a su punto mas alto siendo la mas prospera de todas, mostrando asi una capacidad impresionante en asuntos de negocios y transacciones. Kirigakure ha mostrado un enorme progreso y sus ninjas buscan ante todo la paz y armonía. Sunagakure al igual que Kirigakure, se ha convertido en una nación poderosa pero en ámbitos belicos, siendo el Kazekage el único sobreviviente de la Gran Guerra Feudal, es reconocido por todos los ninjas del mundo como uno de los hombres mas fuertes del mundo. Esta fuerza belica tiene un reconocimiento mundial y los ninjas de Sunagakure buscan proteger a todos aquellos indefensos.

Por ultimo, pero no menos importante, se encuentra Iwagakure, esta aldea al mando de la Tsuchikage Foxy, ha encontrado una prosperidad que se incrementa con los años y es considerada la sociedad mas estable y donde todos quieren vivir. Con todo ello, Iwagakure, Sunagakure y Kirigakure, durante la Gran Guerra Feudal, formaron un Ejercito, el Ejercito Kakoku San que se encargar de reclutar a los mejores ninjas para ponerlos al servicio mundial, estos, liderados por Ikio Shutsumo, se han convertido en una poderosa fuerza combativa.

Pero a pesar de todo ello, el crimen sigue mantiendose, los criminales aparecen cada vez más a pesar de haber sido erradicados en su momento, todos buscando una sola cosa, los Bijuus, estos seres que han desaparecido con el tiempo han despertado las ansias de todos aquellos que anhelan solo una cosa, poder. Pero al mismo tiempo una figura aparece entre las sombras, una organización clandestina y criminal que se empieza a extender por el bajo mundo ¿Quiénes son? ¿Qué quieren? ¿Qué significa esta estrella azul? Todas estas preguntas sin respuestas claras empezaran a ser respondidas en esta nueva era Shinobi.